Malarz, czołowy reprezentant sztuki Młodej Polski, jeden z najważniejszych artystów polskich, przedstawiciel symbolizmu i secesji.
Studiował prawo na UJ i malarstwo w Szkole Sztuk Pięknych w Krakowie (u W. Łuszczkiewicza i J. Matejki) oraz École des Beaux-Arts i Academié Colarossi w Paryżu; w l. 1894-96 pracował w Paryżu i Szwajcarii; odbył podróże artystyczne do Niemiec i Francji; od 1896 mieszkał w Krakowie; był współzałożycielem Towarzystwa Artystow Polskich „Sztuka” (1897), profesorem krakowskiej ASP (od 1905; w l. 1914-18 i 1932-33 był rektorem tej uczelni); swe prace prezentował na wielu międzynarodowych wystawach, m.in. w Wenecji, Rzymie, Londynie, Brukseli, Los Angeles, Filadelfii i Madrycie; po wybuchu II wojny światowej wyjechał do Lwowa, skąd trafił do hitlerowskiego obozu; zwolniony dzięki dyplomatycznej interwencji Watykanu i rządu włoskiego, w 1940 powrócił do Krakowa; do najwspanialszych osiągnięć polskiej sztuki dekoracyjnej należą jego witraże i polichromie ścienne we wnętrzach sakralnych (cykl 13 witraży w gotyckiej katedrze św. Mikołaja we Fryburgu w Szwajcarii, 1895-1935; polichromia Skarbca w katedrze wawelskiej, 1901, wraz z witrażami, 1902-25; Vita somnium breve, 1904); tworzył kompozycje rodzajowo-symboliczne i alegoryczne (Śpiewaczka, 1895; Rozmowa, 1896; Muza, 1897; Dziwny ogród, 1902-03; Słońce majowe, 1910), sceny miejskie (Rynek krakowski, 1903), pejzaże (Place Pigalle w Paryżu, 1894; Wąwóz. La Gorge de l'Areuse, 1897; Czerwona parasolka, 1917; Białodrzewie, ok. 1920; Zwarzony ogród, 1929), widoki Krakowa (Rynek krakowski, 1903); martwe natury (Laleczki japońskie, 1894), portrety (Śpiewaczka, 1895; Portret księdza Józefa Pajączewskiego, 1900; Portret żony. Na letnim mieszkaniu, 1904; Portret żony przy świetle lampy, 1905; Portret Izy z Giełgudów Axentowiczowej, 1907; Portret żony artysty na żółtym tle, 1907; Portret żony z Pegazem w tle, 1913) i autoportrety (Autoportret, 1898).
Był artystą wszechstronnym, wykonywał ilustracje (do warszawskiego czasopisma „Chimera”), okładki książek i czasopism (m.in. ekspresjonistycznego czasopisma „Zdrój”), projekty o charakterze użytkowym (m.in. meble, tkaniny, scenografie, plakaty i grafiki), grafiki (akwaforta, sucha igła, akwatinta; m.in. cykl Tancerka guerro, 1905-07); opublikował książkę Uwagi o sztuce i jej stosunku do natury (1897); w twórczości zwracał uwagę głównie na problem finezji i dekoracyjności kompozycji, które wyrażały się dynamiką, bogatą grą plam barwnych wspomaganych złoceniami i ornamentami; równie istotna była wymowa treści kompozycji, często o znaczeniu alegorycznym oraz symbolicznym; w 1996 jego dom w Krakowie został udostępniony publiczności jako oddział krakowskiego Muzeum Narodowego (Dom Józefa Mehoffera w Krakowie).