W pierwszym okresie twórczości realizował kompozycje rodzajowe, głównie o tematyce wiejskiej (Boginka w dziewannach, 1888; Rusałki, 1888), malował też sceny martyrologiczne (Na etapie, 1883; Sybiracy, 1891; Śmierć na etapie, 1891; Wigilia na Syberii, 1892); później tworzył niezwykle liczne obrazy symboliczne, często z pejzażem w tle, odwołujące się również do polskiej historii (Śmierć Ellenai, 1881; Niedziela w kopalni, 1882; Introdukcja, 1890; > Melancholia, 1894; > Błędne koło, 1895-97; Spłoszony koń, 1899; Pokusa Fortuny, 1904; Sztuka, tryptyk, 1906; Eloe z Ellenai, 1908-09; Eloe, 1909; Eloe unosząca Ellenai, 1910), portrety (Portret Adama Asnyka z Muzą, 1895-97; Hamlet polski, portret A. Wielopolskiego, 1903; Portret Feliksa Jasieńskiego, 1903; Władysław Reymont, 1905; Piosnka jesienna, portret W. Lipońskiego, 1906) i autoportrety (Autoportret ze śmiercią, 1894; Autoportret na tle Wisły, 1901; Autoportret z hiacyntem, 1902; Autoportret z Muzą, 1906; Autoportret na tle czerwonego pejzażu, 1909; Autoportret z Tobiaszem i Parkami, 1912; Autoportret w zbroi, 1914; Autoportret w białym stroju, 1914; Autoportret na czarnym tle, ok. 1917); malował też kompozycje religijne (Madonna i dzieci, 1897; Chrystus i Samarytanka, 1910); ważnym motywem malarstwa M. była śmierć (Thanatos, Thanatos I, Thanatos II, wszystkie 1898-99; Z powrotem, 1898; Ukojenie, 1911; Powrót w rodzinne strony, ok. 1911), często też pojawiał się temat zatrutej studni (> Zatruta studnia IV, 1905; Zatruta studnia – Chimera, 1905; Zatruta studnia – Różowa, 1906), w cyklu obrazów przewija się biblijna opowieść o Tobiaszu (Wiara, Nadzieja, Miłość, tryptyk, 1901; Anioł i Pastuszek, 1903; Tobiasz w drodze, 1904; Wiosna – Krajobraz z Tobiaszem, 1904; Anioły z Tobiaszem, 1906; Tobiasz i Parki, 1912); ukoronowaniem twórczości artysty jest autobiograficzny cykl Moje życie (1911-20).

Malarstwo Malczewskiego nawiązywało do martyrologii polskiej po powstaniu styczniowym lub poruszało temat ludzkiego cierpienia i tajemnicy śmierci, zwracając uwagę głównie na problem symbolicznego znaczenia kompozycji; wypracował własny, oryginalny styl, łączący realizm i alegorię, operujący soczystymi, kontrastowo zestawianymi barwami; jego obrazy mają charakter zazwyczaj melancholijny, pełny smutku i metafor odwołujących się zarówno do kwestii patriotycznych, jak i osobistych; często odnoszą się do relacji z kobietami, przedstawianymi jako chimery; artysta tworzył też poezje; wysoką wartość historyczną i literacką mają jego listy; > Muzeum imienia Jacka Malczewskiego w Radomiu.